公元前400年建立早期奴隶制国家，公元3-9世纪为繁盛期，15世纪衰落，此后长期湮没在热带丛林中。

公元1502年，哥伦布最后一次远航美洲，距离第一次发现"新大陆"刚好10年。船在洪都拉斯湾靠岸，哥伦布和船员踏上久违的葱茏陆地。在当地的市场上，一种制作精美的来自"玛雅"的陶盆吸引了他。从此，"玛雅"这个神奇的名字第一次传入欧洲。1519年，西班牙探险家科尔特斯(Hernan Cortez)率领西班牙军队横扫墨西哥，征服正处于文明鼎盛时期的帝国，摧毁了阿兹特克文明。

此时，玛雅文明已近尾声，但在尤卡坦半岛上，残存着一些玛雅小邦。1526年，一支西班牙探险队前往尤卡坦，试图用暴力建立西班牙殖民地，并强制推行基督教信仰。不肯屈服的玛雅人展开了长达百余年的游击战。1697年，最后一个玛雅城邦在西班牙人的炮火中灰飞烟灭。18世纪末开始引起学术界关注，19世纪末发掘一批重要遗址，开始玛雅文明的现代考古学研究。20世纪50年代后，研究进展较快，形成专门的"玛雅学"，是世界考古学及历史学研究的重要领域。玛雅文明的发展阶段，说法不一。据美国考古学家N.哈蒙德的划分，可分为前古典期、古典期、后古典期三个阶段。

在太平洋的东部群岛上幸存古玛雅的后裔。

通常中美洲文明被划分为三个时期:公元前1500年至公元前300年称为前古典期，公元前300年至公元900年为古典期，公元900年至16世纪为后古典期。传说玛雅人在3000年前就开始建造宗教性建筑，最早的遗迹由一些简单的土坟组成，后来演化为金字塔(玛雅人的金字塔与埃及人的金字塔在造型上略有不同，其建筑作用有本质区别:埃及人的金字塔是古代埃及统治者法老的陵墓，科学家推测玛雅人的金字塔其中的一个重要作用则是举行祭祀与庆典祭坛)。早期的玛雅文明似乎受到更早的奥尔梅克文明的影响。

公元前200年至公元800年是玛雅文化的兴盛时期。玛雅人发展了数百座城市，蒂卡尔(又译提卡尔)是其中最大的一个，学者估计在最高峰时，此城有10万-20万居民。已发现的蒂卡尔最早的石碑，建于公元445年，记录的是一位名为"暴风雨的天堂"的国王的登基仪式。国王"暴风雨的天堂"的统治标志着蒂卡尔黄金时代的开始。石碑背面象形文字记录了公元317年到445年之间蒂卡尔王国的历史，其中包括蒂卡尔战胜二十千米外的城市瓦哈克通的故事。这次胜利标志著蒂卡尔王国的崛起，但也是和另外一个城邦，位於今天墨西哥南部的卡拉姆尔之间竞争的开始。当时，几乎所有的小城邦都臣服於这两个较大的王国，最终敌对双方发生激烈战争，并分裂成一些小的诸侯国，玛雅文明也从此逐渐衰落。

数百座城市发展成许多个农业密集、城市集中城邦。其中最为显著的遗迹是建于宗教中心的金字塔和皇宫。其他重要的遗迹有雕刻石板，用象形文字写成的石板主要描述宗谱、战争胜利和其他成就。

玛雅人曾经参与了古代中美洲的长途贸易，主要的货品有可可、盐和黑曜石。

公元9世纪开始，古典玛雅文明的城邦突然同时走向衰败，至今仍是未解之谜。到公元10世纪，曾经繁荣的玛雅城市被遗弃在丛林之中。

此后，以奇琴·伊察为首，尤卡坦半岛北部兴起一些玛雅城邦，开始了史学上称为玛雅文明的后古典时期。奇琴·伊察城邦政权于公元1224年被推翻，继之以玛雅潘为首的城邦联盟。1450年玛雅潘政权因内乱而瓦解。当西班牙人登上美洲大陆时，玛雅人的地区已处于分崩离析的状态。